PCR (penelitian) - aplikasi. Apa teknik PCR?

PCR adalah tes yang telah digunakan untuk mendiagnosis banyak penyakit. Metode PCR memungkinkan untuk menunjukkan keberadaan langsung bakteri dalam organisme, dan khususnya DNA-nya. Pengujian PCR digunakan, antara lain dalam diagnosis penyakit Lyme. Apa teknik PCR? Apa itu PCR waktu nyata?

Daftar Isi:

1. PCR (pengujian) - apa teknik PCR?
2. PCR (penelitian) - penerapan metode PCR
3. PCR (penelitian) - penyakit Lyme
4. PCR (penelitian) - hasil. Bisakah mereka menjadi positif palsu?
5. PCR (penelitian) - hasil. Bisakah mereka menjadi negatif palsu

PCR (polymerase chain reaction) adalah metode dasar yang digunakan di laboratorium genetika dan molekuler. Ini dikembangkan pada tahun 1983 oleh Kara Mullis, yang dianugerahi Hadiah Nobel pada tahun 1993 untuk itu.

Simak apa itu teknik PCR. Ini adalah materi dari siklus MENDENGARKAN BAIK. Podcast dengan tips.

Untuk melihat video ini, harap aktifkan JavaScript, dan pertimbangkan untuk meningkatkan versi ke browser web yang mendukung video

PCR (pengujian) - apa teknik PCR?

Pengujian PCR terdiri dari beberapa amplifikasi (biasanya dalam 30-40 siklus) dari fragmen DNA tertentu, misalnya gen yang mengkode protein Borrelia, dengan menggunakan enzim polimerase.

Kemudian, pewarna molekuler khusus digunakan untuk membuat fragmen DNA yang diperkuat terlihat. PCR, karena amplifikasi fragmen DNA tertentu, merupakan metode yang sangat sensitif.

Dalam metode PCR, fragmen DNA diamplifikasi menggunakan pasangan primer spesifik untuk wilayah DNA bakteri tertentu. Misalnya, wilayah target di PCR yang digunakan dalam diagnosis penyakit Lyme adalah gen yang menyandi protein, misalnya. 16S rDNA, recA, fla, p66, OspA.

Bahan biologis dari mana pengujian dapat dilakukan adalah:

• darah
• bagian kulit dari eritema migrasi
• cairan serebrospinal
• cairan sinovial atau dari tulang rawan artikular
• air seni

PCR (penelitian) - penerapan metode PCR

Selain diagnosis borreliosis Lyme menggunakan metode PCR, dimungkinkan untuk mendeteksi fragmen DNA spesifik dari mikroorganisme lain atau manusia. Oleh karena itu, metode PCR juga digunakan dalam:

• diagnosis dan pemantauan infeksi virus: virus herpes (virus herpes, herpes zoster, Epstein-Barr, cytomegalovirus), HIV, virus hepatitis (HBV dan HCV)
• diagnosis dan pemantauan infeksi bakteri, terutama bakteri yang tidak dapat diidentifikasi melalui biakan, misalnya tuberkulosis
• diagnosis dan pemantauan penyakit neoplastik: leukemia, kanker payudara, kanker kolorektal, kanker paru-paru
• diagnosis predisposisi kanker: kanker payudara dan ovarium (gen BRCA1 dan BRCA2), kanker kolorektal (gen APC dan CHEK2)
• diagnosa penyakit genetik: hemochromatosis (gen HFE), thalassemia (gen HBA1 dan HBA2), penyakit celiac (gen HLA)
• tes paternitas, yang mendeteksi kompatibilitas DNA anak dan ayahnya

Baca juga: Tes Penyakit Lyme - Seperti Apa Bentuknya dan Berapa Harga Tes Penyakit Lyme Tes Western Blot dan Penyakit Lyme. Interpretasi hasil tes Penyakit tick-borne: penyakit Lyme, babesiosis, bartonellosis, TBE dan lain-lain.

Saat ini, metode PCR telah banyak dimodifikasi. Misalnya, dalam diagnosis Lyme borreliosis, metode PCR bersarang dan PCR waktu nyata terutama digunakan. Yang terakhir adalah metode kuantitatif dan memungkinkan penentuan jumlah pasti salinan DNA Borrelia dalam bahan biologis yang diuji.

PCR (penelitian) dan penyakit Lyme

Tes serologis adalah dasar untuk diagnosis penyakit Lyme. Namun, ada situasi klinis yang dapat menyebabkan tes ini menjadi negatif palsu:

• jendela serologis, yaitu periode awal infeksi di mana tubuh belum menghasilkan antibodi IgM dan IgG spesifik terhadap Borrelia spirochetes
• pada orang dengan imunodefisiensi yang tidak menghasilkan cukup antibodi
• adanya kompleks imun yang terdiri dari antigen Borrelia spirochetes dan antibodi spesifik untuk mereka serta mencegah deteksi antibodi dengan metode serologis

Jika gejala penyakit Lyme dicurigai pada pasien dan hasil tes serologis negatif, tes molekuler berdasarkan metode PCR dapat dilakukan.

DNA Borrelia spirochetes dapat dideteksi pada tahap awal infeksi, karena jumlah spirochetes dalam cairan tubuh menjadi yang tertinggi.

Dalam diagnosis borreliosis Lyme, metode serologis seperti ELISA terutama digunakan, tetapi dalam beberapa situasi klinis, tes genetik menggunakan metode PCR sangat membantu.

Semakin lama waktu dari infeksi, semakin kecil kemungkinannya untuk mendeteksi DNA bakteri. Oleh karena itu, pada beberapa kasus, sebelum dilakukan tes PCR, bakteri ditumbuhkan pada media khusus selama 1-2 minggu kemudian dilakukan tes.

Pendekatan ini digunakan pada kasus kecurigaan penyakit Lyme dan pengambilan cairan serebrospinal. Pada fase akhir infeksi, lebih tepat dilakukan tes ELISA.

Metode PCR tidak boleh digunakan dalam diagnosis rutin Lyme borreliosis karena kurangnya standarisasi mengenai terjadinya varietas Borrelia burgdorferi di Polandia.

Namun, jika terjadi kesulitan dalam diagnosis (terutama pada tahap awal penyakit), hasil tes PCR membantu dalam proses diagnosis.

Hasil uji positif berarti keberadaan DNA Borrelia burgdorferi dan varietasnya terdeteksi pada bahan uji, namun tidak menjelaskan apakah terjadi infeksi aktif di dalam tubuh. Di sisi lain, hasil negatif tidak menyingkirkan keberadaan bakteri di dalam tubuh.

Beberapa laboratorium menawarkan pengujian keberadaan DNA Borrelia di kutu. Akan tetapi, hasil pemeriksaan tersebut bukanlah dasar untuk diagnosis penyakit Lyme pada orang yang digigit.

Artikel yang direkomendasikan:

Tes ELISA - apa yang dideteksi? Bagaimana cara membaca hasilnya? Harga tes

PCR - hasil. Bisakah mereka menjadi positif palsu?

PCR adalah metode yang sangat sensitif dan, pada saat yang sama, sangat sensitif terhadap kontaminasi. Oleh karena itu, sangat penting dalam pengujian berbasis PCR untuk memilih pengendalian internal yang sesuai untuk menyingkirkan positif palsu.

Kuncinya juga pada pengumpulan bahan yang benar untuk pengujian serta pengalaman dan keandalan ahli diagnosa yang melakukan pengujian.

PCR - hasil. Bisakah mereka menjadi negatif palsu

Seperti dalam tes laboratorium lainnya, juga dalam metode PCR, hasil negatif palsu mungkin muncul. Di sini penting untuk mengumpulkan darah untuk mendapatkan antikoagulan yang sesuai, karena beberapa di antaranya, seperti heparin, dapat menghambat reaksi PCR.

Juga, pengumpulan bahan setelah dimulainya terapi antibiotik dapat menyebabkan penurunan efisiensi reaksi PCR dan kemungkinan hasil negatif palsu yang lebih besar.

Juga harus diingat bahwa bakteri Borrelia hidup dalam waktu yang sangat singkat di dalam darah dan cairan tubuh, karena berkat reseptor khusus mereka menembus dengan sangat cepat ke tempat-tempat yang "sulit dijangkau" di dalam tubuh.

Oleh karena itu, berbeda dengan diagnosa mikroorganisme lain, jumlah Borrelia spirochetes dalam bahan biologisnya kecil, bahkan terkadang berada pada batas deteksi metode PCR. Ini juga dapat menyebabkan negatif palsu.

Artikel yang direkomendasikan:

Tes transformasi limfosit (LTT)

literatur

1. Dunaj J. et al. Pentingnya metode PCR dalam diagnosis borreliosis Lyme. Jelajahi Epidemiol. 2013, 67, 119 - 123.
2. Diagnosis laboratorium penyakit yang ditularkan melalui kutu. Rekomendasi Kelompok Kerja: Kamar Nasional Dokter Laboratorium, Institut Nasional Kesehatan Masyarakat-Institut Kebersihan Nasional, Konsultan Nasional di bidang penyakit menular, Departemen Penyakit Menular dan Infeksi Saraf, Universitas Kedokteran Białystok, Perkumpulan Virologi Polandia, Warsawa 2014.
3. Ružić-Sabljić E. dan Cerar T. Kemajuan dalam diagnosis molekuler penyakit Lyme. Ahli Rev Mol Diagn. 2017 Jan; 17 (1): 19-30.
4. Valones M.A.A. dkk. Prinsip dan aplikasi reaksi berantai polimerase dalam bidang diagnostik medis: tinjauan. Braz J Microbiol. 2009 Jan-Mar; 40 (1): 1-11.

Tentang Penulis

Karolina Karabin, MD, PhD, ahli biologi molekuler, ahli diagnosa laboratorium, Polska Diagnostik Cambridge Seorang ahli biologi dengan spesialisasi dalam mikrobiologi dan seorang ahli diagnosa laboratorium dengan lebih dari 10 tahun pengalaman dalam pekerjaan laboratorium. Lulusan Fakultas Kedokteran Molekuler dan anggota Masyarakat Genetika Manusia Polandia. Kepala dana penelitian di Laboratorium Diagnostik Molekuler di Departemen Hematologi, Onkologi, dan Penyakit Dalam dari Universitas Kedokteran Warsawa. Dia mempertahankan gelar doktor ilmu kedokteran di bidang biologi medis di Fakultas Kedokteran Pertama Universitas Kedokteran Warsawa. Penulis banyak karya ilmiah dan sains populer di bidang diagnostik laboratorium, biologi molekuler dan nutrisi. Sehari-hari, sebagai spesialis di bidang diagnostik laboratorium, ia menjalankan departemen substantif di Cambridge Diagnostics Polska dan bekerja sama dengan tim ahli gizi di CD Dietary Clinic. Dia berbagi pengetahuan praktisnya tentang diagnostik dan terapi diet penyakit dengan spesialis di konferensi, pelatihan, dan di majalah serta situs web. Dia sangat tertarik pada pengaruh gaya hidup modern pada proses molekuler dalam tubuh.